自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的女孩，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。尽管在那个都市——最先进科学引导的学院都市中，超能力差不多能够通过科学技术制造出来，然而眼前这位自称“茵蒂克丝”的女孩依旧把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了女孩的魔法。女孩以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发觉茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。