故事描述一个叫屁祖隐的女的带着5岁的青年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁亲小孩新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到奇妙忍者集团的突击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。因此，地球的存亡就交给了新之助的忍法。
