由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名奇妙的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和奇妙杀手近藤（香川照之 配音）将失去经历的柯南带到某处隐蔽的不墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严峻车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙大概打算利用制造一起炸弹恐惧突击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗（广末凉子 配音）怀疑夫君、相公近藤有外遇，而寻到毛利小五郎调查夫君、相公的行踪。时刻流逝，险恶的阴谋浮出水面……
